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La flora microbica intestinale è un eccezionale ecosistema formato da oltre 400 specie e da un'innumerevole quantità di ceppi. Essa svolge numerose funzioni necessarie al mantenimento della salute dell'ospite, tra le quali le più importanti sono le seguenti:
- azione protettiva: la flora microbica intestinale rappresenta una barriera per i numerosi agenti patogeni che cercano di colonizzare l'intestino;
- azione immunitaria: l'intestino contiene il 40% delle cellule immunitarie del corpo umano e la flora microbica intestinale incrementa la produzione di anticorpi (IgA);
- azione trofica: la flora microbica intestinale, infatti:
- esplica una propria attività enzimatica (glicosidasi e deidrogenasi agiscono su cellulosa e polisaccaridi non cellulosici con formazione di acidi grassi a catena corta che fungono da supporto energetico per gli enterociti del tratto più distale dell'intestino, ileo e colon);
- sintetizza la vitamina K, numerose vitamine del gruppo B (B1, B2, B5, B6, B12), la vitamina PP, la vitamina H (o biotina) e l'acido folico (o vitamina B9).